Ja, das leidige Problem mit den Framerates ...
Allein mit VirtualDub(Mod) kommst du da nicht weit, da das Tool für sowas auch nicht gedacht ist. Die Videos müssen exakt zueinander passen. Selbst wenn die Framerate sich um 0,000001 FPS unterscheiden. Verweigert VirtualDub die Arbeit.

Mit AVISynth hättest du selbst da möglichkeiten, die Segmente anzupassen.

Hab da mal ein kleines Script geschrieben, was die ersten 500 Frames beschleunigt abspielt.
Code: 
Clip = AVISource("Video.avi")

a = Clip.Trim(0,500).AssumeFPS(40, sync_audio=true).ChangeFPS(25).ResampleAudio(48000)
b = Clip.Trim(501,0).ChangeFPS(25).ResampleAudio(48000)

a+b