Mit CMSS, wie NeM schon gesagt hat, kannst du der Soundkarte sagen, wie sie Stereo-Signale auf die 5.1 Kanäle verteilen soll. Ist es deaktiviert und du überträgst ein AC3 Signal mit 6 Kanälen, dann kann es sein, dass nur Rechts, Links und eventuell der Subwoofer bedient werden. Je nach Soundkarte geschieht dieser Upmix auf alle Kanäle automatisch (oder bei billigen Karten garnicht), bei manchen kann man explizit sagen, dass z.B. Hinten links den vorne links, und hinten rechts den vorne rechts kanal wiedergeben soll und Center entweder links oder rechts, oder eine Mischung aus beidem (bei Stereo Inhalten, bei 5.1 hat ja eh jeder Kanal seine eigenen Daten).
Es könnte also durchaus sein, dass falsche CMSS- Einstellungen im Treiber dafür sorgen, dass die Signale im Stereo-Betrieb falsch geroutet werden.

Noch was: Manche Karten unterstützen s/pdif Passthrough. Das bedeutet, das digitale AC3-Signal (z.B. von einer DVD) wird direkt unbearbeitet ausgegeben, ohne dass die Soundkarte etwas daran berechnet. Damit würdest du sicherstellen, dass bei 5.1-Inhalt jeder Kanal unverändert an den Receiver weitergeleitet wird.
Bei PCM bzw Stereo-Sound geht das aber imo nicht, da muss die Soundkarte wieder routen welche Kanäle wohin gehen sollen. Also entweder schaust du dir die Routingeinstellungen (Bei Creative mit CMSS möglich) an, oder du stellst deinen Receiver bei Stereo-Inhalten manuell mit der Fernbedienung auf 5-Fach-Stereo bzw 7-Fach-Stereo, was du halt für Boxen hast. Das erfordert halt dann einen Tastendruck mehr, damit werden aber in der Regel die beiden Front-Kanäle auf alle anderen Kanäle gemixed (so wie es CMSS machen würde) und wiedergegeben. Ist halt manuell umschalten, wenn es die Soundkarte kann probier es damit.