Im großen und ganzen könnte man die schon verwenden.
Wenn Du da jetzt die MG mit den weights am Kopf verankerst sollte das auch im Spiel klappen. Man muss halt nur höllisch aufpassen das man auch alles richtig macht wie Dismeberment und solche Sachen. Die führen dann sehr schnell zu Bugs in den Spielen.

Bones verändern klappt nur bedingt, da die Animation die Bones wieder zurück verschiebt. Neue Bones die in der Animation nicht gesteuert werden bleiben starr oder werden gar nicht erst übernommen. Wenn Du jetzt zb dem Hund einen zweiten Schwanz oder Kopf geben willst wirst Du um neue Animationen nicht drum rum kommen. Oder du weightpaintest beide auf die Bones eines Schwanzes/Kopfes.

Kurz gesagt
Kleine, bzw geringfügige Veränderungen kann man schon auf das alte Konstrukt legen. Je komplexer und abwegiger dein Modell von den Originalen ist, umso mehr musst Du dann neu erstellen.

Einfach bauen und Testen, da merkst Du dann ziemlich schnell was geht und was nicht und ab wann Du ein neues Skelett und animationen brauchst.