Moddateien immer überschreibend installieren, komplett. Wenn Ordner überschrieben werden, werden alte Dateien darin nur überschrieben wenn im neuen Ordner gleichnamige Dateien enthalten sind, sonst bleiben sie erhalten.

Warnings.txt ist kein Ordner sondern eine Textdatei im Morrowind Verzeichnis.

Bei dir sind offenbar mehrere Mods nicht ordentlich installiert worden.