Erstmal: Glaub mir! 40 MB sind nicht viel für 15 Minuten. Da leidet die Qualität doch schon enorm. Nur so als Größenvergleich: 3 bis 4 Minütige Videos haben bei mir schon eine Größe von 50 - 80 MB.

Es kenn mich mit Magix nicht aus aber kannst du das Interlacing nicht abschalten?
Das Interlacing nachträglich rausfiltern, würde ich dir nicht raten. Man bekommt es nicht zu 100% weg und die Qualität leidet auch darunter, weil bei jedem encoding Verfahren versucht wird, das Bild zu komprimieren.

Wenn es geht, dann encode das Video erstmal als avi und dann unkomprimiert.
Das wird zwar enorm riesig aber dann kann man es mittels eines 2-pass Encoding-Verfahren verkleinern.

Du kannst mir aber gerne mal ein kleines Sample schicken. Dann schau ich mir es mal an, was du genau meinst.