Ein anderer Punkt:

Viele kleine Dateien erzeugen mehr Overhead als eine große Datei, da jede kleine Datei ihren eigenen Header besitzt. Benutzt du also viele kleine Dateien anstatt einer großen, wirst du etwas mehr Arbeitsspeicher verbrauchen.
Auch könnte die Ladezeit bei Spielstart unter vielen kleinen Dateien minimal leiden, da hier die Chance größer ist, daß diese stark verteilt auf der Platte liegen, welche somit mehr arbeiten muss (und Festplattenzugriff ist nunmal langsam).
Ob diese Sachen allerdings bei heutigen Rechnern und der geringen Datenmenge eines Makerspiels (du wirst kaum mit mehreren Gigabyte Grafikdaten hantieren, oder?) einen spürbaren Unterschied machen darf ruhig bezweifelt werden.

Wie Burrito aber erwähnt hat ist das Managment bei einer großen Datei einfach sehr viel einfacher. Solange die Perfomance deines Spiels nicht gerade genau deswegen im Keller ist würde ich hier wirklich zu der Alternative greifen, die das Leben für dich als Ersteller und Scripter einfacher macht. Und das ist nunmal eine große Datei pro Animation bzw. vielleicht sogar pro Figur.