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Hmm, seltsam. Eigentlich sollte das genau so funktionieren.

Brainstorming:
1.) Die Kapelle der Weynonabtei hat genau so einen Altar, wie du ihn haben möchtest. Schau doch mal da vorbei und sieh nach, ob dieser Altar funktioniert.
2.) Andere Möglichkeit: Einfach deinen selbstgemachten Altar mit dem aus der Weynon-Kapelle ersetzen. Dessen EditorID lautet "ACTPrioryAltar". Wenn es dann geht, hast du vermutlich etwas beim Kopieren des CathedralAltar02 etwas falsch gemacht (auch wenn ich nicht wüsste, was).

Wenn bei Versuch 1 auch der Altar in der Kapelle nicht funktioniert, hat wahrscheinlich irgendetwas auf bescheuerte Art und Weise das Script verändert. Ich könnte mir z.B. eine Mod vorstellen, die den verschiedenen Altären verschiedene Effekte zuweist, und dafür checkt, in welcher Kathedrale du dich befindest - ohne eine Bedingung dafür einzubauen, dass du dich in überhaupt keiner der Kathedralen befindest.
(Das wäre aber eigentlich ziemlich doof, und ich glaube nicht wirklich dran.)

Wenn Versuch 2 fehlschlägt, kann es immer noch derselbe Grund sein wie bei Versuch 1 - dann hätte der Modder, der das Script verändert hat, allerdings bereits gewusst, dass der Altar auch außerhalb von den Kathedralen benutzt wird, und diese Sonderfälle ebenfalls beachtet, was dann doppelt dämlich wäre, weil er dann auch gleich dran hätte denken können, dass andere Modder den Altar in ihren Mods verwenden.
Deswegen glaube ich da eigentlich auch nicht dran, und wäre dementsprechend extrem ratlos, sollte dieser Fall eintreten.

Eine Liste deiner aktiven Mods wäre in jedem Fall hilfreich.