Ich glaube, sie haben höchstens das Script in Ys Complete verfeinert, von der Story dürftest du dann nichts verpassen.
Wenn du nicht die Möglichkeit hast, die PC Version dir zu organisieren, dann kannst du auf die DS Version zurückgreifen, die baut auch auf dem PC Remake auf.

Vor den alten hätte ich Angst. Das Kampfsystem spielt sich imho sehr viel schlechter. Auch werden dir die hübschen CGs fehlen. ^^