Was falsch ist.
Blu-Ray Discs in HD Auflösung benutzen als Videoformat H.264. Der standardisierte Container für H.264 ist MP4.
Allerdings unterstützt (zumindest laut Wikipedia) Blu Ray auch das DVD Format und somit auch MPEG2.
mkv wird nicht nur genommen, weil die Ripper das wollen.
avi sucht lediglich in der vfw-Schnittstelle nach Codecs. Diese Schnittstelle ist schon mittlerweile recht veraltet und unterstützt nicht alles, was h.264 unterstützt. Somit ist avi nicht vollständig h.264 kompatibel.
avi unterstützt auch nur bedingt mehrere Tonspuren und Untertitel. ac3, ogg und aac Tonspuren sind unter avi ein Problem. Sie können laufen, müssen sie aber nicht.
Auch ist der avi Header sehr riesig und allein beim header kann mkv schon einige MBs einsparen.