Was die Datensicherung angeht: Schon mal drüber nachgedacht, dein Programm als Desktopanwendung zu schreiben und per JNLP startbar zu machen? Ich meine, das ist allgemein eine gute Idee, weil Applets richtig scheiße sind. Ich denke, per JNLP gestartete Anwendungen haben lokalen Dateisystemzugriff, zumindest beschränkt.

Was das Speichern angeht würde ich (gegeben, daß JNLP Dateisystemzugriffe erlaubt) wohl einfach alles serialisierbar machen. IIRC ist das Serializable-Interface nicht allzu schwer zu implementieren.