Nein, nein, das ist ein Mißverständnis. Da wird nichts "ersetzt".
Du bekommst zwar eine Meldung, es gäbe bereits einen Meshes(Textures, Sounds...)-Ordner und der bestehende würde überschrieben, ob Du das möchtest - aber da kannst Du beruhigt JA anklicken, denn es wird nicht der INHALT des Ordners überschrieben, sondern nur der Name.
Es wird einfach der neue Inhalt hinzugefügt, das ist alles.