Ich habe auf den einen Rechner Vista in der 64 Bit Variante und es gibt keine Probleme mit Programmen. Die einzige negative Erfahrung hatte ein Freund von mir, da er die 32Bit Version eines CAD Programms vom Hersteller erhielt und es auf seinem Vista 64 Bit nicht installiert werden konnte.
Der größte Nachteil an einem 64Bit System ist, dass durch den größeren Adressraum alle Programme effektiv mehr Speicher auf deiner Festplatte verbrauchen. In Zeiten großer Festplatten ist das aber nicht so tragisch.