Bei einer While-Schleife wird einfach alles zwischen dem While und Loop (angenommen Break/Continue wird nicht verwendet) so oft wiederholt, bis die While-Bedingung nicht mehr zutrifft. In dem Wiki-Beispiel ist das so lange der Fall, wie GetNextRef einen Wert != 0 ausgibt.

Warum das Script sonst anhält kann ich nur vermuten. Mein Ansatz wäre jetzt, dass ein unequip & equip, die den gleichen Slot betreffen nicht im selben Frame stehen dürfen. Ich würde dazu einfach das unequip weglassen.
Ich würde dir allerdings empfehlen ein paar Print(C)-Befehle einzufügen. Damit kannst du kontrollieren, wie weit das Script durchläuft. Der Fehler ist dann auf jeden Fall danach.