Just Fix It behebt nur Fehler auf der PlugIn Seite:

ESPs werden gecleant, merged leveled lists werden erstellt und aktiviert, merged dialogs werden erstellt und aktiviert (die dialog merge solltest du unbedingt deaktivieren).

Ist City Tower nach der Aktion noch ein aktives PlugIn? Wurde es umbenannt in z.B. Clean Balmora City Tower?

Im save bleibt alles wie es war, nur wenn vorne die Hausnummern, Namen oder ganze Mods geändert werden, dann stimmen die Adressen dazu nicht mehr überein. Wrye Mash könnte auch das wieder gerade biegen, aber je mehr du da pluginseitig herumwürfelst, desto schwieriger wird es. Morrowind ist in der Beziehung sehr viel nachtragender als Oblivion. Bevor es Wrye Mash gab, habe ich pluginseitig niemals auch nur das Geringste geändert (und dementsprechend oft neu angefangen).