So, das Ganze hat zwar etwas länger gedauert, aber jetzt hab ichs hingekriegt. Das mit dem Mod-Manager hat zwar irgendwie nicht hin gehauen, aber es ging trotzdem ohne Neuinstallation. Für alle, die ein ähnliches Problem haben, hier meine Lösung:

Weil ich die PI's über GfWL runtergeladen und installiert hab, musste ich sie, um sie überhaupt im Launcher zu sehen, manuell in den Data-Ordner von Fallout 3 kopieren. Dann konnte ich sie zwar im Launcher aktivieren und deaktivieren, aber Fallout 3 hat die PI's immer noch aus dem GfWL-DLC-Ordner gelesen und zwar immer, ob die sie nun im Launcher aktiviert waren, oder nicht. Jetzt hab ich den Inhalt des DLC-Ordners komplett gelöscht und siehe da, Fallout 3 liest die PI's nun problemlos aus dem eigenen Data-Ordner und das Aktivieren und Deaktivieren der PI's im Launcher wirkt sich auch aus. Ganz nebenbei ist auch der Absturz, den ich beim Beenden immer hatte, seit ich die PI's im Launcher deaktiviert hatte, jetzt weg.