Ich könnte mir vorstellen, daß das Fenstergeflacker von einer im Hintergrund laufenden Anwendung kommt.
Bei mir passiert das z.B., wenn meine Firewall (die ich auf "Hochsicherheit" einbgestellt habe), meldet, daß irgendwas ins Internt oder in die Sichere Zone will.
Es kann auch passieren, wenn Programme sich automatisch aktualisieren - das habe ich erstmal abgestellt.
Du könntest im Taskmanager nachschauen, was gerade aktiv ist und evtl. unnötige Programme ausschalten.
Vieleicht hilft es ja.