2000 Jahre vor Clouds Geschichte schlägt ein Meteorit am Nordkontinent ein, es entsteht der Nordkrater. Mit ihm reist Jenova, ein außerirdisches Wesen, das den Lebensstrom kontrollieren will um die eigene persönliche Macht zu vergrößern. Die Cetra finden das Alien, wagen es jedoch nicht, dem Planeten Schaden zuzufügen, da das Alien die Cetra braucht, um an den Lebensstrom zu kommen. Da kontrolliert das Alien die Gedanken der Cetra und zwingt sie dazu, seinen Plan zu verwirklichen. Doch bevor das geschieht, wird die Außerirdische besiegt, ihr Körper in der Erde des nördlichen Kontinents versiegelt und die zerstörerische schwarze Substanz, die sie mit sich führte, an einem geheimen Ort versteckt. Die Cetra jedoch erholen sich nicht mehr von dem Kampf, zusätzlich werden sie durch einen Virus ausgerottet. In der Not entsendet der Planet 4 Weapons, die ihn beschützen sollen, da er sich nicht mehr von dem Meteoriteneinschlag erholt, da das Alien jedoch schon besiegt ist, werden diese nicht mehr benötigt und verschwinden mitsamt dem Alien, das bei späteren Funden Jenova getauft wird.

Soweit, sogut, die ganze Geschichte möchte ich jetzt nicht erwähnen, das ist mir im Moment zu lang...