Jenova Zieht die Fäden im Spiel, sie kontroliert Sepiroth da er ihre Zellen im Körper hat genau wie sie es mit Cloud tut Zitat"Du bist nur eine Marionette" (das sagte sie zu Cloud als Aeris starb).
Ausserdem rotete sie die Zetra aus damit sie ihr Vorhaben nicht durch die Weisse Materia stören können. Genau aus diesem Grund brachte sie Aeris um damit sie die weisse Materia nicht einsetzt.

Und Erzählt mir nicht es währe Sepiroth, da es nu eine Illusion von jenova ist um Cloud zu ihr zu locken. Alles im Spiel deutet darauf dass es so ist.
Ausserdem sind Weapons so etwas wie ein Notfallprogramm des Planeten um Jenova zu vernichten. Das hat Ifania selbst gesagt(schaut euch die Videos Im Winterdorf an).