Heißt erscheinen nicht im OBMM, dass die *.omods nicht erscheinen, oder nur die *.esp-Dateien bei installierten Mods?

Falls ersteres: Schon mal versucht den Omod-Ordner wo anders hin zu verlegen (lässt sich unter Settings umstellen)?

Falls letzteres: Verwendest du Wrye Bash?
Wenn ja solltest du da mal die Auto-Ghost-Funktion deaktivieren/die Plugins mit WB aktivieren.