Was genau möchtest du mit dem Inhalt welcher BSA-Dateien im CS machen?
Wenn du neue Objekte mit bestehenden Texturen oder Meshes verwenden möchtest dann reicht es eigentlich, bestehende Objekte mit den Texturen/Meshes zu suchen, die ID zu ändern und sie anschließend mit den von dir gewünschten Änderungen zu speichern.
Solltest du sie aber unbedingt entpackt brauchen (weil du eine umtexturierte Version erstellen möchtest,...) dann musst du sie in die richtigen Ordner entpacken. Also die Texturen nach Data\Textures und die Meshes nach Data\Meshes. Mit allen Dateien die sich nicht in den richtigen Ordnern befinden kann sowohl das CS als auch Oblivion nichts anfangen.