Meine Vermutung wäre, dass mit den Daten an sich noch alles in Ordnung ist und nur die Partitionstabelle verändert wurde. Sprich: die Platte ist noch mit FAT formatiert, aber in der Partitionstabelle steht was anderes. Schnapp dir mal ne beliebige Linux Live-CD und setz mit fdisk den Partitionstyp auf FAT. Könnte sein, dass das schon hilft.