Nein; das ist gerade das, was nicht anders ist. Die Unterschiede liegen eher darin, wie die Datei-Metadaten (also die Daten, die eine Datei beschreiben) verwaltet werden. Ich kann dir da nicht viel mehr zu sagen, ohne dich mit Fachchinesisch zu bombardieren, aber generell kann man sagen, daß NTFS deutlich ausgefeilter ist.
Und FAT32-Partitionen können nicht größer als 32 GiB sein. Das ist ja auch der Grund, warum SDXC-Karten (SD mit mehr als 32 GiB) für exFAT und nicht FAT32 standardisiert sind – wobei tollerweise exFAT noch weniger von nicht-Windowsen unterstützt wird als NTFS.