Ich würd den Lüfter die Luft von unten (ich nehme an, der Tisch steht auf Füßen?) einbauen, du müsstest dann nur was gegen den angesaugten Staub unternehmen. Deine Füße würden eher gewärmt als gekühlt werden, es wird ja kühle luft von außerhalb angesaugt und dann nach außen(aufgewärmt durch die Hardware) abgegeben.

Eine Fertige Wasserkühlungs-Lösung kann ein normales Gehäuse erfordern, alles was du selbst baust, kannst du natürlich dementsprechend anpassen, dass es so funktioniert, wie du das möchtest.