Hatte anfangs auch große Schwierigkeiten, hier ein paar Tipps, wie es bei mir einigermaßen funktioniert.

Patch 1.5 installieren
DLC Broken Steel installieren
Endkampf alleine durchziehen, Begleiter vorher entlassen
nach dem Aufwachen Quest annehmen
danach zum Aufbereiter bei Rivet City
mit Bigsley reden und die "Wasser-Quests" annehmen
nach Megaton, dort weiteres erfahren, auch vor Megaton beim Waser-Bettler
nun nach Springvale, nicht porten, hinlaufen
die Kirche entdecken und mit dem Priester reden

danach gings bei mir normal weiter.