Besteht die Möglichkeit, dass du mit deiner Kamera in einem anderen Formal aufzeichnest? Kann man das irgendwo dort einstellen im Menü, dass du beispielsweise in AVI und DV-PAL aufzeichnest und nicht im Mpeg-Format? Womöglich lößt das deine probleme.
Andernfalls probier mal, die Rohdaten mit virtual Dub zu öffnen und unkomprimiert zu speichern. Das frisst zwar zuerst mal viel Speicher, damit lässt sich aber besser arbeiten und vielleicht treten die Probleme hier nicht auf?
Falls du auch in diesem Programm Fehler bekommst, liegt es eventuell an deinem System und den dort installierten Codecs für MPEG oder aber an der Kamera. Zweiter Schritt wäre dann, das ganze auf einem anderen PC zu testen.