Leg am Besten unter die Muttern noch kleine Isolationsscheiben (Kunststoffscheiben). Der Bereich um die Löcher ist zwar isoliert aber ich weiss nicht, ob die Muttern evtl. nicht sogar noch über den Bereich hinausragen und Leiterbahnen kurzschliessen können. Das ist schon manchmal bei den normalen Schrauben recht kritisch. Auch musst du aufpassen, dass du das Mainboard nicht biegst, da du alles Pi-Mal-Daumen zusammenschraubst. Da können u.U. kleine Haarrisse auf dem Mainboard entstehen. Ich würde auch den Abstand zwischen Mainboard und Holzplatte kleiner machen. So einen riesigen Abstand tut nicht not. Schonmal Holz eh ein Isolator ist. Später müsstest du auch auf die Belüftung achten, da Holz auch Wärme isoliert. Wieso wird der Klotz eigentlich so groß?
edit:
Wieso hast du dir noch einfach für 20 € einen Werkzeugkoffer beim Baumarkt gekauft, wie ich es damals gemacht habe: