Ja, die Shader ge-/braucht er genau wie ersetzte Texturen/Meshes auch wenn die Mods deaktiviert sind. Bei fehlenden Texturen hast du pinke Flächen und bei fehlenden Meshes schwebende, übergroße, schwarz-gelbe Ausrufezeichen. Kann sein das sich ein defekter Shader das Starten des Spieles komplett verhindert.
Was mir auserdem noch eingefallen ist: Schau doch mal in deine Oblivion.ini und suche nach SIntroSequence. Anschließend schaust du mal in den Video-Ordner unter Data ob dort auch alle Videos vorhanden sind die dort gelistet wurden. Außerdem könntest du schauen ob dir bei den installierten Mods ein begefügtes Video auffällt. Möglicherweise lässt ein kaputtes Video das Spiel abstürzen(wieder ein Schuss ins Blaue, aber möglich ist es).