Viele der allgemeinen Anwendungen sind kompatibel, einige der eher spezielleren wohl jedoch nicht.
Eins der Hauptprobleme ist wohl, dass M$ auf einem recht verbuggten Untergrund aufgebaut hat, und vieles auch nie geändert wurde, um nicht inkompatibel zu werden. Und jetzt mühen sich Projekte wie Wine oder ReactOS damit ab, die lustigen Bugs von Windows zu emulieren, die auch die Programmierer der Anwendungen schon hatten, und irgendwie umgangen haben nton: