Ich würde es mal damit probieren, die Mods mit dem OMM nochmal 'drüberzuinstallieren' und sie dann im OMM zu deaktivieren.
Wirklich deinstallieren kann man die meisten Mods nicht, es sei denn (afaik), sie sind mit einem Installer versehen, der die Mods installiert und danach auch wieder selbständig deinstallieren kann, wie zum Beispiel die "Verbesserte Magiergilde".