Bei Videobearbeitung würde ich generell immer unkomprimiert oder halt mit Lossless Formaten arbeiten. Man braucht immer bei Videobearbeitung sehr viel Platz.

Wenn du es wieder mit MPEG4 komprimieren willst, dann würde ich es ebenfalls unkomprimiert exportieren und dann mit virtualdub(mod) oder per AVISynth mit megui encoden.