Ignoriere die Warnungen, solange sie nicht zum crash führen. Es ist normal, auch wenn man ein Plugin ordentlich mit Wrye Mash demontiert, dass beim nächsten Laden Scriptwarnungen kommen; die sollten nach dem nächsten Speichervorgang weg sein.

Bei vielen Warnungen empfiehlt sich natürlich AllowYesToAll=1 in der Morrowind.ini, damit man alle Warnungen mit einmal wegklicken kann.