FMA war der erste Anime. Da der Manga damals aber noch nicht allzuweit war, entwickelt sich die Story etwa ab dem Zeitpunkt, wo Greed auftaucht, in eine andere Richtung, und hat danach nur noch wenig mit dem manga zu tun. FMA:B ist die neue Serie, die der Story des Mangas folgt, und demnächst zuende sein sollte. Du kannst beide Serien ansehen, ohne die jeweils andere zu kennen. Allerdings wird der Anfang in der ersten Serie ausführlicher behandelt (das Animationsstudio hatte wohl wenig Lust, genau dasselbe nochmal zu machen).