Das Problem hatte ich gestern auch.
Wir hatten ZSNES gestartet und den Input #1 konfiguriert, als wir dann den zweiten Input ebenfalls konfigurieren wollten, funktionierte es komischerweise nicht, obwohl beide Controller schon vor dem Start in den USB-Slots steckten. Ich habe das Problem beseitigt, als ich auf 'SET' bzw. 'SET KEYS' gedrückt habe.
Müsste eigentlich klappen, hat zumindest bei mir geklappt und ich habe auch zweimal den selben Controller hier gehabt.