Die Versionen sind gleich groß, ich habe in der 3.00 neue Kisten eingefügt (Player-Haus Megaton, Tennpenny, alte Militärbasis), in die man seine Sachen packen kann. In der Militärbasis sollten die Kisten im Turm mit dem Upgrade auftauchen, ich hatte sie aber vergessen zu deaktivieren, weshalb sie in der Luft schon sichtbar rumschwebten. Nur das ist in der 3.01 gefixt, Datei ist immer noch 5.76 MB

Die Probleme, die du jetzt beschreibst, kommen vom Patch 1.5. Bethesda killt damit viele MODs, weil sie Statics (eigentlich alle Häuser, Bauten, Konstruktionen, Treppen) beim 2x laden im Ödland einfach verschwinden lassen. So wie es jetzt bei dir passiert. Keine Ahnung wie sich Bethesda das jetzt weiter vorstellt. (wenn du aus dem Spiel gehst und die Stelle neu lädst, müsste wieder alles da sein)

Wer mit MODs spielen will, sollte bei Patch 1.4.06 bleiben, wer "Brech mir den Stahl" (DownLoadContent) benutzt, muss ja wohl 1.5 installieren.

EDIT: Mit Patch 1.5 kann es noch weitere Probleme geben, Abstürze beim Wechsel in MOD-Innenräume, beim Schnellreisen und ...