Naja, du kannst ja zum einen die "Windowskin Graphic" ändern, falls du dazu ne Alternative hast, ansonsten ist es mit wenigen Handgriffen möglich einfach die blauen Kästen auszublenden und eine eigene Grafik dahinter zu kleben. Bei letzterem kann ich dir über ne PN auch kurz erklären wie das geht.
Wenn du aber das Design grundlegend neu aufbauen willst solltest du dich mit Ruby und RGSS beschäftigen ^^