Wahrscheinlich sind deine BIOS Einstellungen einfach falsch. Ich selbst habe auch eine IDE und ne SATA drin und wenn der BIOS resetet wird, ist die IDE die erste in der Bootreihenfolge und das funtzt nicht (Windows auf der SATA und Ubuntu auf der IDE). Grub startet vom beidem gleich, aber Windows erkennt er nur, wenn er von der SATA Bootet.