AFAIK gibt es keine Einstellung im Codec, die den Sound nur bis zu einer bestimmten Zeit encodieren. Sowas gibt es aber beim Video Codec. Da kann man angeben, dass z.B. nur 50 000 Frames encodiert werden sollen, dann stoppt die Encodierung auch bei 50 000. Ich weiss nicht welchen Audio Codec du nimmst, aber hats du mal geschaut, ob ein Limit festgesetzt ist? Ansonsten fällt mir da auch nicht viel ein, da ich solch ein Problem noch nicht hatte.

EDIT: Ausser es ist ein zusammengeschnittenes Video, welche verschiede Audio Codecs verwendet, dann führt es manchmal zu Zeitüberschreitungen oder auch mal zum frühzeitigen Stop.