Das mit den Nischen wird wohl (noch?) nicht umgesetzt sein. Wirds wohl auch nie.
Ich kann bei mir alle Better Cities esps problemlos im CS öffnen und speichern. Die Better Cities Resources.esm hast du schon im Data-Ordner drin, oder?
Und du setzt die esp, die du öffnest auch als "Active File", oder? Wenn nicht (du also quasi einen Patch machen willst), musst du anders vorgehen:
mittels Wrye Bash die esp-Datei, die du als Grundlage nehmen willst, esmifizieren und dann im CS öffnen (nicht als active gesetzt).
Dann machst du deine Änderungen UND eine Änderung irgendwo im Tamriel-Wordspace (z.B. das Verschieben von einem Stein) und dann kannst du deine neue esp abspeichern, ohne dass das CS crasht. Aber du musst diese Änderung an diesem Stein dann mittels Tes4Edit/Tes4Gecko wieder aus deiner esp entfernen!

MfG,
ThreeD