Wie alt sind denn diese Programme?
Recht alte Programme haben Probleme die korrekte Größe zu bestimmen, da bei der Größe ein Pufferüberlauf entsteht. Das wäre dann so, als ob ein Tacho eine komplette Umrundung gemacht hätte.

Ansonsten vielleicht mal checkdisk ausführen.
Start -> ausführen -> chkdsk <partition> /F
Also z.B. für c:
chkdsk c: /F

Der Parameter /F korrigiert Fehler und unterbricht alle Zugriffe auf die Partition. Evtl. musst du dabei neustarten. Dieses dann bei allen Partitionen durchführen. Vielleicht stimmt da irgendwas mit der Partitionstabelle nicht.