Nein, es liegt daran, das BAIN alle Dateien die zu einem PI gehören entfernt, wenn sie nicht auch von einer anderen MOD aus dem BAIN Verzeichnis gebraucht werden.
OBMM und BAIN zusammen scheint nicht wirklich zu funktionieren.
Der Abgleich läuft sowieso jedesmal, wenn man zum Installer Tab nach einem WB Neustart wechselt.

Vorschlag:

Du könntest einen extra Ordner in deiner Mod anlegen und ihn 01 Original Recovery nennen. Darin platzierst du eine Kopie des Originals, so dass man nach der Deinstallation des Main Mods nur noch den Ordner anhakeln muss und per Install diese zurück spielen kann.
Ich habe mir so etwas für meine Oblivion.esm Patch Mod gebastelt, da ich mein Oblivion Masterfile mit Francescos Overhaul gepatch habe.