Zuviel Text um gezielt zu antworten, daher generell:
Es gibt persistente und nichtpersistente Objekte. Nichtpersistente Objekte können persistent gemacht werden, während persistente Objekte immer persistent sind.
Klassisches Beispiel: Ein Activator versus eine Leveled List. Wird ein Activator mit PlaceAtMe eingefügt, bleibt er ewig im Spiel (persistent). Eine Leveled List erzeugt eine Kreatur und ist dann weg (nicht persistent).
Aber: Natürlich ist das erst aus dem Save heraus, wenn die Zelle resetted ist! Solange eine Zelle nicht resetted ist, bleibt das, was dort vorgefallen ist (inklusive z.B. hinzugefügter nichtpersistenter Objekte) im Spielstand. Klaro - ansonsten wäre es ja wie bei Sacred2, du tötest einen Gegner, speicherst, lädst, und der Gegner steht wieder lebendig neben dir.
Wird ein Mod entfernt, gehen alle darauf beruhenden Refs verloren -> Nullrefs.
Heißt, soweit ich deinen Post verstanden habe, alles richtig erkannt!