Ich verstehe Aeris in der Kirche eher als eine Art von Einbildung und anschliessende Besinnung, wenn sie wieder verschwindet.
Dass das Maedchen fragt, wo das Blumenmaedchen hin ist, bezieht sich meiner Meinung nach auf Aeris Abwesenheit im Allgemeinen und nicht ihr ausfaden in der aktuellen Szene.
Ihr Gesicht am Ende des Extros und ihr oeffnen der Augen steht fuer mich einfach dafuer, dass sie ein Teil des Lebensstrohmes ist, gewissermassen als Erklaerung dafuer, wieso der Lebensstrohm den Planeten rettete.
Interessanter finde ich die Andeutung im letzen Gespraech vor dem Abspann zwischen Tiffa und Cloud, wo er sich mit dem Arm am Vorsprung hochzieht. Er meint dort, dass er glaubt sie im Verheissenen Land finden zu koennen.