Schau mal im Nifscope ob die entsprechende Nitristrips einfach nur unten angefügt wurde, oder ob sie korrekt im Baum eingegliedert ist.

Alle Nitristrips müssen unter der selben NiNode eingegliedert sein, ansonsten wird es nicht korrekt im Spiel dargestellt.
Unter NiNode - Children kannst Du die entsprechende Nitristrips einfügen. (einfach die zugeordnete Zahl angeben.)

Dann sollte es funktionieren.

P.S.: Du solltest allerdings bedenken das auf diese Weise die Collision des alten Objekts nicht verändert wird und der hinzugefügte Teil nun noch nicht in die Collision mit einbezogen wird. Je nachdem was Du dort bastelst, wirst Du auch die Collision noch verändern/anpassen müssen.