Naja, wenn alle Nutzungen der DateiEN behoben wurden (sprich: Charset irgendwo benutzt, Chipset in Database verwendet, e.t.c.), kannst du ins Verzeichniss gehen, alle Dateien makieren, die rechte Maustaste klicken und auf "Alle Löschen" bzw. "Löschen" gehen.

Würde ich aber nicht empfehlen