Tes4Edit legt automatisch eine Backup der ESP mit erweiterter Dateiendung (Datum-Uhrzeit) an, das musst du dann halt notfalls nur zurück umbenennen.
Hier noch ein Tutorial zum Cleanen mit Tes4Edit:
http://cs.elderscrolls.com/constwiki..._with_TES4Edit

Der Punkt mit dem Undeleten der References ist zwar noch nicht drin, aber die Schritte dort kannst du genausogut befolgen, du musst dann nach dem Filter setzen halt nur noch zusätzlich den Punkt Undelete References im Rechtsklickmenü ausführen.