Habe mal beim Stöbern hier
http://www.fallout3nexus.com/downloads/
irgendwas über ein kleines Prog gelesen, was die Texturen, auch der Mods, verwaltet. Soll man jedesmal ausführen, wenn ein neuer Mod installiert wird.
Vielleicht behebt das die Schwierigkeiten. Näheres weiß ich nicht, müßte noch mal suchen.