Ich weiss nicht genau, was das sein könnte.
Wie Kris schon sagte, würde ich die Dateien auf eine andere Platte rüberziehen und dann die Platte komplett formatieren.

Festplatten sind auch nicht grad für Portable Zwecke gedacht, auch wenn es externe Festplatten gibt. Vielleicht stimmt da irgendwas mit der Partitionstabelle nicht oder da ist sonstwas defekt.

Wenns ne NTFS Partition ist, ist vielleicht die MFT (Master File Table) defekt.
Eine Formatierung würde die MFT neu schreiben.

Ich hab eben noch das Tool TestDisk gefunden, weiss aber nicht, ob das gut ist oder ob das Tool überhaupt irgendwas bewirkt.