Ok.... außer Disketten und USB-Sticks habe ich mit der Methode noch nie was formatiert.
Es gibt dafür extra programme, darunter auch kostenlose. Einfach mal googlen.
An kommerziellen fallen mir Norton Paritition Magic und Paragon (Partition?) Manager ein.
Empfehlen würde ich dir aber gParted, das gibts als Linux Live CD. (Wobei ich grade nicht genau weiß, ob gParted NTFS formatieren kann, auf ideser LiveCD)