Wie hast du es überhaupt hinbekommen Windows und Ubuntu auf eine Partition zu installieren?
Ubuntu verlangt eine root und eine Swap Partition.
Die Root Partition muss das ext2 oder ext3 Filesystem vorweisen aber Windows kann mit diesen Filesystemen nichts anfangen.

Wubi ist doch nur ein Installationstool, um Ubuntu über Windows zu installieren oder etwa nicht?
Oder ist Wubi so ne Art Virtuelle Maschine?