Gibt im Grunde zwei Wege die du anstreben könntest. Bei dem ersten bin ich mir nicht sicher ob das an der Stelle geht, bei dem anderen dürftest du keine Zufallskämpfe verwenden.

Variante 1
Setze in jede Monstergroup ein Event bei dem zu Beginn des Kampfes der Hauptcharakter entfernt wird.
Vermutlich benötigst du dafür dann noch ein CommonEvent welches laufend überprüft ob die Heldin in der Gruppe ist, und wenn nicht dass diese wieder hinzugefügt wird.

Variante 2
Hier werden die Kämpfe nur dann ausgelöst wenn der Spieler sie selbst startet, zB auf umherstreunende Monster trifft.
Event sähe dann so aus
- Event / Held berühren sich
- Change Party -> Remove
- Start Battle
- Change Party <- Add
- Switch on

Das wären die Ansätze die ich für etwas derartiges verwenden würde.